显微镜是一种精密的光学仪器，价格普遍较高。从结构上看，显微镜由许多光学部件和较精密的金属零件组成，在使用过程中应特别注意做好保养工作。
1. 严格按照有关操作规则使用显微镜，避免因使用不当造成损毁。
2. 显微镜在储存和使用过程中，普遍存在着生霉起雾问题，霉和雾会使显微镜的视场模糊，分辩率下降。为了使显微镜保持良好的工作状态，延长使用寿命，显微镜的工作环境应保持清洁、干燥、防尘。
3. 显微镜在每次使用完毕后应及时做好清洁工作，特别是目镜、物镜等容易污染的光学部件，如发现表现表面有灰尘、指纹、脏物等，应及时用镜头纸清洁干净。
4. 显微镜工作室最好能安装空调、抽湿及防尘装置。
5. 如发现光学部件内部有生霉等现象，最好及时联系有关厂家派人清洁、维修。